Program kelas Khusus Yamaha SMK HKBP Pematangsiantar merupakan kelas berbasis standard Industri yang sudah bekerja sama dengan PT. YAMAHA. Kolaborasi antara SMK HKBP dengan PT YAMAHA sudah berjalan hingga tahun ke-12 hingga saat ini, sehingga program kemitraan ini sudah menghasilakan banyak siswa yang memiliki keterampilan mumpuni untuk bekerja nanti di Dunia Industri.
